• 1. สถาบันการสอนวิชาศึกษาทั่วไป
• 2. สถาบันขงจื่อ
• 3. สถาบันภาษา
• 4. สถาบันวิจัยความมั่นคงด้านอาหารพลังงานและน้ำ อนุภูมิภาคลุ่มน้ำโขง (FEWs)
• 5. สถาบันวิจัยเพื่อพัฒนาสังคม
• 6. สถาบันวิจัยมะเร็งท่อน้ำดี
• 7. สถาบันวิจัยยุทธศาสตร์และประสานความร่วมมือเพื่อพัฒนาภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
• 8. สถาบันวิจัยและพัฒนาวิชาชีพครูสำหรับอาเซียน
• 9. สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สุขภาพลุ่มน้ำโขง
• 10. ศูนย์ทรัพย์สินทางปัญญา
• 11. ศูนย์นวัตกรรมการเรียนการสอน
• 12. ศูนย์บริหารจัดการทรัพย์สิน
• 13. ศูนย์จริยธรรมการวิจัยในมนุษย์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น
• 14. ศูนย์ประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
• 15. ศูนย์ศิลปวัฒนธรรม
• 16. ศูนย์สัตว์ทดลองภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
• 17. ศูนย์อาเซียนศึกษา
• 18. ศูนย์พิพิธภัณฑ์และแหล่งเรียนรู้ตลอดชีวิต
• 19. สถาบันวิจัยเพื่อพัฒนาสมรรถนะมนุษย์และการสร้างเสริมสุขภาพ
• 20. สถาบันวิจัยและบริการด้านออทิซึม
• 21. สถาบันวิจัยและนวัตกรรมวัสดุนาโนเพื่อพลังงาน - รศ. ดร.ประสิทธิ์ ทองใบ